Curriculum Vitae – Ari Eszter

Bioinformatikus kutató, Egyetemi oktató

arieszter@gmail.com

Weboldalak

Munkahelyek

Aktuális

Egyetemi adjunktus – ELTE Eötvös Loránd Tudományegyetem, Genetikai Tanszék, Budapest

1117, Budapest, Pázmány Péter stny. 1/C

  • 2019 - : Többféle bioinformatikai kurzus fejlesztése és oktatása MSc és PhD hallgatók számára, szakdolgozati és PhD témavezetés. A Molekuláris genetika, sejt- és fejlődésbiológia MSc specializáció felelőse.
  • 2009 - 2019 tanársegéd
  • 2007 - 2009 tudományos segédmunkatárs

Tudományos munkatárs – HUN-REN1, Szegedi Biológiai Kutatóközpont (SZBK), Biokémiai Intézet, Szeged

6726, Szeged, Temesvári krt. 62

  • 2016 - : Az antibiotikum rezisztencia és a virulencia evolúciójának kutatása összehasonlító genomikai és filogenetikai módszerek segítségével, Papp Balázs csoportjában. 2020 óta projektvezetőként.

Tudományos munkatárs – Hungarian Centre of Excellence for Molecular Medicine (HCEMM), Metabolikus Rendszerbiológia Kutatócsoport, Szeged

  • 2019 -

Korábban

Posztdoktor kutató – Állatorvostudományi Egyetem (Vet-Med), Populációgenetikai Intézet, Bécs, A

  • 2012 - 2014: Különböző hőmérséklethez adaptálódott muslica populációk RNA-Seq adatainak feldolgozása, Christian Schlötterer csoportjában.

Diplomák és Fokozatok

  • Habilitáció: ELTE, Budapest, 2023
  • PhD: Biológia Doktori Iskola, ELTE, Budapest, 2012
  • Egyetemi diploma (osztatlan képzés): Szent István Egyetem (SZIE), Állatorvostudományi Kar2, Budapest, 2004

Díjak és Ösztöndíjak

  • Az ELTE Egyetemi Kiválósági Alap Kiemelkedő tudományos publikáció díja, 2024, Budapest
  • Az ELTE Egyetemi Kiválósági Alap Kiemelkedő tudományos publikáció díja, 2022, Budapest
  • Junior fellowship, Collegium Budapest – Institute for Advanced Study, 2009, Budapest
  • Az Állatorvostudományi Kar Ösztöndíja, Szent István Egyetem, 2003 - 2004, Budapest
  • 2. helyezés az Állatorvostudományi Kar TDK Konferenciáján, Szent István Egyetem, 2003, Budapest

Pályázatok

  • Támogatott Kutatócsoportok Programja 2025 - 2028: Szerep: Társpályázó; Cím: Genomic surveillance for precision therapies against antibiotic-resistant bacteria; Vezető kutató: Papp Balázs; Szám: TKCS-2024/66; az ELTE-re elnyert összeg: 30 000 000 Ft
  • ELTE nemzetközi online kurzusok megtartására 2025: az “Omikai adatok elemzése GY” bekerült a CHARM-EU kurzusai közé ; 500 000 HUF
  • NKFIH OTKA PD 2020 - 2023: Szerep: Vezető kutató; Cím: Hogyan jönnek létre a “szuperbaktériumok”? - Rezisztencia- és virulenciagének átadásának szisztematikus vizsgálata a humán mikrobiom és patogén baktériumok között; szám: 131839; 25 500 000 Ft
  • Kiemelten magas színvonalú oktatási tevékenység támogatása, ELTE 2020: Szerep: Vezető kutató; Cím: Számítógépes oktatási termében lévő infrastruktúra fejlesztése; 4 000 000 Ft
  • Visegrad 4 Eastern Partnership (V4Eap) 2014 - 2015: Szerep: Témavezető; Zeljko Popovic ösztöndíjához kapcsolódva; Cím: DORMANCYbase – developing a database on gene and protein expression during dormancy in animals; 3 000 EUR

Oktatási Tevékenység

Jelenleg

  • Bioinformatika (EA, GY; EN) – MSc hallgatóknak (az előadások és gyakorlatok fele, a kurzus kidolgoása)
  • Bioinformatikai szemináriumok (EA; EN) – PhD hallgatóknak
  • Haladó R programozás biológusoknak (GY; EN) – MSc hallgatóknak (a gyakorlatok fele, a kurzus kidolgoása)
  • Omikai adatok elemzése (GY; EN) – MSc hallgatóknak (a gyakorlatok fele, a kurzus kidolgoása). A kurzus bekerült a CHARM-EU kínálatába is.

Korábban

  • Bevezetés a bioinformatikába (EA; HU) – BSc hallgatóknak (jelenleg egy előadás, a kurzus kidolgozása)
  • Alapozó bioinformatika (EA; HU) – BSc hallgatóknak
  • Genetika gyakorlat (néhány GY; HU) – BSc hallgatóknak
  • Genomika (néhány EA; EN, HU) – MSc hallgatóknak
  • Molekuláris Evolúció (néhány, EA; HU) – MSc hallgatóknak
  • Evolúcióbiológia (néhány, EA; HU) – MSc hallgatóknak
  • Diszkrét matematikai módszerek a biológiában (EA, GY; HU) – MSc és PhD hallgatóknak

Egyetemi Jegyzet

Egyéb Oktatással Kapcsolatos Tevékenységek

  • Doktori disszertáció bíráló (4); Doktori védésen titkár (3); Doktori védésen bizottsági tag (5); Komplex vizsgán vizsgáztató – ELTE, Pázmány Péter Katolikus Egyetem, Magyar Agrár- és Élettudományi Egyetem, Semmelweiss Egyetem, Debreceni Egyetem (6); MSc záróvizsgáztató (5); Országos Tudományos Diákköri Konferencián zsűritag (3)

  • ELTE Molekuláris genetika, sejt- és fejlődésbiológia MSc specializáció felelőse

Témavezetés és Mentorálás

  • At present: Co-supervising 4 PhD students, supervising 2 Master, 2 Bachelor, and 3 Scientific Student Association students

  • Visiting student: 1 (with Support for summer internships for Hungarian students studying abroad grant)

  • Személyes lap az Országos Doktori Tanács honlapján

  • Végzett hallgatók: 2 társ-témavezetett PhD, 6 MSc, 12 BSc, 6 TDK hallgató – közülük 1 OTDK 2. helyezés

  • Folyamatban lévő témavezetések: 4 társ-témavezetett PhD hallgató, 2 MSc, 2 BSc, 3 TDK hallgató

    Vendéghallgató mentorálás: 1 (Egyetemi tanulmányokat külföldön folytató magyar hallgatók nyári gyakorlatának támogatása c. pályázattal)

Fontosabb Workshopok

Oktatóként

Részvevőként

  • EMBO Training: Laboratory Leadership Course, 2024, Budapest
  • An R Reproducibility Toolkit for the practical researcher, 2022, online
  • 8th International Course in Microbial Ecology – Microbiome Metagenome Analysis, 2017, CNR-ISE, Verbania, I
  • EMBO course: Bioinformatics and Comparative Genome Analyses, 2011, Inst. Pasteur Paris, F
  • Computational Phyloinformatics Course, 2008, Duke Univ., Durham, NC, USA
  • Workshop on Molecular Evolution, 2006, Marine Biological Lab., Woods Hole, MA, USA

Tagságok

Idegen Nyelvek

  • Angol – tárgyalási szint (C1, középfokú nyelvvizsga)
  • Olasz – alapfokú nyelvvizsga

Érdeklődési Területek

  • Bioinformatika
  • Evolúcióbiológia
  • Antibiotikum-rezisztencia
  • Összehasonlító genomika
  • Molekuláris filogenetika
  • Metagenomika
  • Transzkriptomika
  • Transzkripciós szabályozás
  • Adatelemzés

Szakmai Készségek

  • Különböző bioinformatikai módszerek, szoftverek és pipeline-ok professzionális használata és fejlesztése.
  • R programozási nyelv – professzionális szint
  • Linux Shell szkriptek – haladó szint

Szerkesztői és Bírálói Tevékenység

  • Téma szerkesztő (topic editor) a Frontiers in Systems Biology folyóiratnál
  • Bírálat készítés a következő folyóiratokban: Brief. Bioinformatics (3); Evol. Biol. (1); Genome Biol. Evol. (1); J. Math. Chem. (4); Mol. Ecol. (1); Mol. Phylogenetics Evol. (1); Sci. Rep. (1); Opusc. Zool. (1); Plos One (2)
  • Bírálat: PhD disszertáció: (4), pályázatok: NKFI OTKA (3)
  • OTDK zsűri tag (3)

Tudománynépszerűsítés

Szakmai Weboldalak

  • A TFLink transzkripciós faktor - célgén adatbázis létrehozásának és fejlesztésének irányítása.
  • A mulea és muleaData funkcionális dúsulást vizsgáló R csomag és adatszett létrehozásának irányítása.

Publikációk

  • Google Scholar MTMT (10020542)
  • Megjelent publikációk száma: 27 (D1: 17 + Q1: 5)
  • Első, utolsó vagy levelező szerzős publikációk száma: 8
  • Első, utolsó vagy levelező szerzős publikációk összesített impakt faktora (IF): 47.22
  • Összes publikáció összesített impakt faktora (IF): 218.56
  • Összes publikáció független idézőinek száma (IC): 562
  • h-index: 16

Megjelenés Előtt

  • Balogh GM, Koncz B, Asztalos L, Ari E, Papp B, Szebeni GJ, Gémes N, Pál C & Manczinger M (2025) APOBEC3-associated mutations generate immunogenic peptides in SARS-CoV-2. Nature Communications, bírálat alatt.

Megjelent

Konferencia Előadások

  • Nemzetközi konferencia előadások száma: 9
  • Hazai konferencia előadások száma: 6
  • Meghívott előadóként*: 3
  • Ari E, et al. (2024) mulea - egy többféle ontológiát és empirikus FDR-t alkalmazó dúsulást vizsgáló R csomag. Bioinformatika, a Magyar Tudomány Ünnepén, nov. 8. Budapest
  • Ari E, et al. (2024) mulea - an R package for enrichment analysis using multiple ontologies and empirical false discovery rate. SciComp24 Conference, okt. 17-19. Szeged
  • Ari E, et al. (2023) Global map of evolutionary dependencies between antibiotic resistance and virulence genes in E. coli. 3rd HCEMM PhD-POSTDOC Symposium, nov. 8-9. Keszthely
  • Ari E, et al. (2022) Global map of evolutionary dependencies between antibiotic resistance and virulence genes in E. coli. 1st Bioinformatics and Data Science in Genomic Studies (BDG2022) online, nov. 25. Debreceni Egyetem
  • Ari E, et al. (2022) Lesz-e az E. coli-ból szuperbaktérium? – Az antibiotikum-rezisztencia- és virulenciagének evolúciós függőségeinek vizsgálata. Bioinformatika, a Magyar Tudomány Ünnepén, nov. 11. Budapest
  • Ari E*, Kintses B (2020) A mikrobiom vizsgálati módszerei és az eredmények értelmezése. Magyar Gasztroenterológiai Társaság, Colon Szekció 2020. évi Tudományos Ülés, már. 6-7. Visegrád
  • Ari E, et al. (2019) Phylogenetic barriers to horizontal transfer of antimicrobial peptide resistance genes in the human gut microbiota. EvolBiol Day, ápr. 17. Szeged
  • Ari E*, et al. (2018) Vajon mennyire terjednek az antimikrobiális peptid rezisztencia gének? Bioinformatika, a Magyar Tudomány Ünnepén, nov. 16. Budapest
  • Ari E: (2017) MulEA – A tool for multi-enrichment analysis. 2nd Interdisciplinary Signaling Workshop, júl. 17-21. Visegrád
  • Ari E*: (2012) Molecular phylogenetic reconstructions with a discrete mathematical method, the Boolean analysis. A Magyar Mikrobiológiai Társaság 2012. évi Nagygyűlése, okt. 24-26. Keszthely
  • Ari E & Jakó É (2012) Comparison of Boolean analysis and standard phylogenetic methods using artificially evolved and natural mt-tRNA sequences from great apes. 9th Joint Conference on Mathematics and Computer Science, feb. 9-12. Siófok
  • Ari E, et al. (2007) Boolean analysis: A new discrete mathematical method for phylogenetic reconstruction. From Molecular Informatics to Bioinformatics – International Symposium, ápr. 19-21. Collegium Budapest
  • Ari E & Jakó É (2007) Testing a new discrete mathematical method for phylogenetic reconstruction. Evolution 2007 Conference, jún. 16-20. Christchurch, NZ
  • Ari E & Jakó É (2007) Testing a new discrete mathematical method for phylogenetic reconstruction. The Dumont D’Urville Workshop on Applied Evolutionary Bioinformatics, jún. 24-27. Kaikoura, NZ
  • Ari E, et al. (2007) Törzsfa-rekonstrukció diszkrét matematikai módszer segítségével. Molekuláris taxonómiai, filogenetikai és filogeográfiai kutatások Magyarországon, Szakmai találkozó, Diószegi Sámuel emlékére, nov. 17. Debrecen
  • Ari E (2006) Reconstructing the phylogenetic tree of great apes by using a new discrete mathematical method. 12th Annual European Meeting of PhD students in Evolutionary Biology, szep. 4-9. St. Andrews, UK

Egyéb Meghívott Előadások

  • Ari E* (2017) Investigating the antimicrobial peptide resistome in the human gut microbiome: a metagenomic approach. University of Graz, Institute of Zoology, nov. 15. Graz, A
  • Ari E*: (2015) Rapid evolution of phenotypic plasticity during experimental evolution of Drosophila. The Genome Analysis Centre, feb. 23. Norwich, UK

Konferencia Poszter Prezentációk

  • Nemzetközi konferencia poszterek száma: 9

Footnotes

  1. Korábbi elnevezései: a Magyar Tudományos Akadémia (MTA) Kutatói Hálózata; Eötvös Loránd Kutatóhálózat (ELKH)↩︎

  2. Korábbi és jelenlegi nevén: Állatorvostudományi Egyetem↩︎